公司变更登记由谁申请的依据

依照《公司法》第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。

公司合并或者分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记;公司解散的，应当依法办理公司注销登记;设立新公司的，应当依法办理公司设立登记。公司增加或者减少注册资本，应当依法向公司登记机关办理变更登记。

当事人依法履行出资义务或者依法继受取得股权后，公司未根据公司法第三十二条、第三十三条的规定签发出资证明书、记载于股东名册并办理公司登记机关登记，当事人请求公司履行上述义务的，人民法院应予支持。

根据公司法以及司法解释的规定，办理股权变更登记手续并把股东记载于股东名册的义务主体，应该是公司，当然公司原股东有协助义务。